2003 年，冯文砚考入上海戏剧学院表演系。随后，接拍崔子恩执导电影作品《哎哟哟，去哺乳》并担任女主角。同年 2 月，担任体育类综艺节目《金牌之路》主持人   。

2004年，参与张艺谋执导电影《千里走单骑》的试镜，在完成最后一轮试镜后因与日本经纪公司合约的原因与《千里走单骑》失之交臂   。

2006年7月，出演的都市情感剧《明天我不是羔羊》在地方台首播，冯文砚在剧中饰演被拐卖的女孩柳逢逢。同年，与郑国霖、沈智浩共同主演家庭剧《你是我的命》，饰演善良的慧美   。

2007年，与主持人大冰、二人转演员林林合作主演电视栏目剧《东北人都是活雷锋》，作为剧组唯一专业演员的冯文砚在剧中饰演了美女编导燕子     。同时，她还在历史战争剧《闪闪的红星》中饰演了柳琴一角   。10月，报名参加第57届“世界小姐”大赛，最终获得中国赛区总决赛最佳气质奖及网络人气冠军   。

2009年，出演由英壮执导的情景喜剧《事故科故事》，在剧中饰演容貌靓丽、观念新潮，思想前卫，有超强记忆力的警花陆佳依   。12月，出演小资样板话剧《良宵》，饰演携带艾滋病毒的女子樱桃；并同剧组在北京南锣鼓巷以“闪客”行动的形式来纪念“世界艾滋病日”   。同年，出演战争题材剧《冷枪》，饰演男主角高云飞的同窗旧友沈丹妮   。

2010年，与刘浩联袂主演的温情影片《老那》，饰演陈欢一角，该片荣获沃苏勒亚洲国际电影节最高奖“金三轮车奖”及埃米尔·集美奖和巴黎东方语言奖，第58届圣塞巴斯蒂安国际电影节SIGNSIGNIS Award和Solidarity Award两个奖     。

2013年，主演年代青春励志剧《烽火青春》，携手凌潇肃、戴娇倩共同演绎一段战争年代的成长蜕变故事   。

2014年3月，出演由隋晓东执导的谍战剧《侠探高飞》，在剧中一改往日的温婉淑形象，首次尝试动作戏，为爱变身暗黑杀手沈燕茹     。8月，出演由马少骅、萨日娜执导的战争传奇剧《历史转折中的邓小平》，饰演革命战士陶铸的女儿陶斯亮；为贴近角色冯文砚特意剪短了及腰的长发   。同年，主演法律题材电视剧《国家力量》，饰演一名敢于直言揭发贪污的正义记者肖丽   。

2015年，与傅程鹏、杨舒共同出演年代传奇剧《玉海棠》，在剧中首次挑战反面人物，饰演潜入通海的日本特工薛琳琳，外表美丽动人，行动力果断内心却纠结反复   。

2016年4月，出演的都市情感剧《守婚如玉》播出，冯文砚在剧中与蒋欣二人化身孕友，产生一段特殊友谊的同时，两人也是一对好“撕友”   。同年，加盟奇幻浪漫年代剧《翡翠恋人》，饰演白家家族的旅英归国女管家桐花姐   。